Das Staatsarchiv Augsburg unterscheidet sich in Aufbau und Schwerpunkt seiner Altbestände wesentlich vom Staatsarchiv Neuburg. Mit der Überführung provenienzbereinigter Bestände von Territorien des Schwäbischen Reichskreises und der österreichischen Vorlande aus dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv in den Jahren 1990–1992 wurde der Zuständigkeitsrahmen des Staatsarchivs bezüglich seines historischen Sprengels verwirklicht. Eine an der Reichskreiseinteilung orientierte Bestandsabgrenzung erfolgte in kleinerem Umfang auch mit dem Staatsarchiv Nürnberg (v.a. Reichsstadt Dinkelsbühl, heute Mittelfranken). Gleichzeitig wurde die Überlieferung pfalz-neuburgischer Zentralstellen an das Bayerische Hauptstaatsarchiv abgegeben.

Besondere Bedeutung kommt nun der auch inneren Zusammenführung der ehemals auf verschiedene Archive verteilten Überlieferungen zu und zwar nach Möglichkeit unter Wiederherstellung der ursprünglichen Archiv- und Registraturkörper der in den Jahren 1802/08 untergegangenen Bestandsbildner. Das Provenienzprinzip wird mit der Freilegung bisher verschütteter Zusammenhänge selbst zum Erschließungsmittel in Territorien mit zunächst verwirrend erscheinenden Rechtsbeziehungen.