Das Staatsarchiv Augsburg ist der Nachfolger des ehemaligen Staatsarchivs Neuburg a.d. Donau, das im Herbst 1989 in die Regierungshauptstadt von Schwaben verlegt worden ist.

Neuburg a.d. Donau war ursprünglich Mittelpunkt des kleinen Fürstentums einer wittelsbachisch-pfälzischen Nebenlinie, von deren zweitem Fürsten, Pfalzgraf Wolfgang (+ 1569), die heutigen Linien des Hauses Wittelsbach abstammen. Die Stadt war damit seit 1505 bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts Sitz des pfalz-neuburgischen Archivs (mit wesentlichen Teilen der Archive von Bayern-Ingolstadt und vor allem von Bayern-Landshut) und behielt auch nach der Aufhebung der Provinz Neuburg im neuorganisierten Königreich Bayern (1808) weiterhin ein Archiv (Archivkonservatorium sowie eine Depotregistratur).

1830 übernahm die zunächst der Regierung des Oberdonaukreises in Augsburg unterstehende Depotregistratur Bestände, die bis dahin in Archivkonservatorien bzw. Depotregistraturen zu Dillingen a.d. Donau und Kempten (Allgäu) gelagert gewesen waren. Es waren dies die Reste jener Archive oder Archivteile, die zu Beginn des 19. Jahrhunderts durch Säkularisation und Mediatisierung geistlicher und weltlicher Staaten und Institutionen im Raum des späteren bayerischen Regierungsbezirkes Schwaben an das Kurfürstentum bzw. spätere Königreich Bayern übergegangen waren; nach einer Teilung ihrer Bestände in – nach damaliger Auffassung – „archivalisches Schriftgut“ (Urkunden, wertvolle Amtsbücher und besonders ausgewählte Akten) und in „nichtarchivalisches Schriftgut“ war ersteres nach 1812 an das Kgl. Bayerische Allgemeine Reichsarchiv (später: Bayerisches Hauptstaatsarchiv) in München verlagert worden, während das übrige noch vor Ort verblieben war.

Seit der fachlichen Unterstellung unter das Allgemeine Reichsarchiv in München (1837) vermochte sich diese Kreis-Depotregistratur aus der Rolle einer Altaktenrepositur zu lösen und durch Behördenabgaben ihre Bestände anzureichern. Die Aussonderungstätigkeit erstreckte sich hierbei noch jahrzehntelang über Gebiete des früheren Fürstentums Pfalz-Neuburg bzw. der Provinz Neuburg (mit Teilen des ehemaligen Hochstifts Eichstätt) und orientierte sich erst seit 1882/85, zeitgleich mit dem Durchbruch des Ortspertinenzprinzips, an den seit 1838 gültigen Verwaltungsgrenzen des Kreises Schwaben und Neuburg (der an die Provinz Neuburg erinnernde Namenspartikel fiel 1939 weg). 1841 offiziell „Archivkonservatorium“ benannt, trug das Amt seit 1876 die Bezeichnung „Kreisarchiv“, um 1921 schließlich zum Bayerischen Staatsarchiv Neuburg a.d. Donau zu werden.

Weichenstellungen im Beständewesen der bayerischen Archive, die vor der Vereinigung der Depotregistraturen von 1830 erfolgt waren, hatten das Neuburger Archiv gleichsam zu einem Annex der altbayerischen Archivlandschaft werden lassen, da das Allgemeine Reichsarchiv alle früh- und hochmittelalterliche wie überhaupt alle „archivalische“ Überlieferung, d.h. vor allem alle Urkunden, auch aus dem Bereich Bayerisch Schwabens aufnahm. Das Konzept eines klareren Aufgabenzuschnitts, das auch die Zusammenführung zerrissener Bestände im Auge hatte, bewirkte dann 1924 die Abgabe nahezu sämtlicher Archivalien aus den flächenmäßig größten Alt-Territorien des Archivsprengels, nämlich des Hochstifts Augsburg und des Fürststifts Kempten, an das Bayerische Hauptstaatsarchiv („Neuburger Abgaben“ zur Unterscheidung von den bereits zu Beginn des 19. Jahrhunderts in das Reichsarchiv übernommenen „Münchener Beständen“). Nicht konsequent weitergeführt und zum Teil rückgängig gemacht, vermehrten diese Maßnahmen letztlich das Beständedickicht.

Während des Zweiten Weltkrieges und in der unmittelbaren Nachkriegszeit nahmen die Neuburger Archivbestände, zum Teil aus dem Schlossgebäude ausgelagert, keinen nennenswerten Schaden. Allerdings wurden die mit weiterem Zufluss an Abgaben immer schwierigeren Raumverhältnisse in dem den modernen Aufbewahrungskriterien nicht gewachsenen Dienstgebäude ein Grund, seit 1965 frühere Pläne einer Verlegung nach Augsburg wieder zu verfolgen. Ein weiteres Argument war die von jeher gegebene Randlage Neuburgs im modernen Archivsprengel, die mit der Gebietsreform von 1972 zu förmlicher Exterritorialität wurde. Die Gründung der schwäbischen Landesuniversität in Augsburg (1970) gab schließlich einen entscheidenden Impuls für die Verlegung nach Augsburg. Gleichzeitig erhielt das Staatsarchiv ein neues Beständeprofil auf der Grundlage der an Bayern gefallenen Bestandteile des Schwäbischen Reichskreises. Seine Zuständigkeit bei den wachsenden Beständen erstreckt sich auf den Regierungsbezirk Schwaben in seinen jeweils gültigen Grenzen.