Die Benützung richtet sich nach der Benützungsordnung für die staatlichen Archive Bayerns vom 16. Januar 1990 (GVBl S. 6) in der jeweils gültigen Fas­sung, in der auch die Benützungsgebühren geregelt sind. Für nachweisbar wissenschaftliche, heimatkundliche, familiengeschichtliche und unterrichtliche Zwe­cke werden keine Gebühren erhoben. Beschränkungen in der Benützung können vor allem notwendig werden wegen des Erhaltungszustands der Archivalien oder falls schutzwürdige Belange Betroffener und Dritter entgegenstehen. Von der Benützung ausgenommen ist insbesondere Schriftgut vor Ablauf von 30 Jahren seit seiner Entstehung, ferner personenbezogenes Schrift­gut vor Ablauf von 10 Jahren nach Tod oder 90 Jah­ren nach Geburt Betroffener sowie Schriftgut von be­son­derem Geheimhaltungscharakter vor Ablauf von 60 bzw. 80 Jahren seit Ent­stehung. Weitere Sonder­regelungen bestehen für einzelne Sonder­bestände und Deposita (Genehmigungs­vor­be­hal­te). Fristverkürzungen auf besonderen Antrag sind möglich. Die Benützung der Abteilung III Geheimes Hausarchiv unterliegt der Genehmigung des Chefs des Hauses Wittelsbach.

Den Benützern steht im Hauptgebäude an der Schönfeldstraße ein Lesesaal mit 40 Plätzen zur Verfügung. Die Ab­tei­lungen III und IV besitzen eigene Lesesäle.

Die Bestände sind durch Repertorien (Findbücher) von un­ter­schiedlicher Ausführlichkeit und Intensität in Band- oder Karteiform erschlossen. Zu erwähnen sind besonders die Kartei über die in den bayerischen Staatsarchiven vor­han­denen mittelalterlichen Urkunden bis 1400, in der rund 58.000 Urkunden nach dem Datum und den Namen der Aussteller und der Siegler verkartet sind, sowie die Personen-, Orts- und Sachkartei zu den Akten der Ministerien und anderen obe­ren Landesbehörden des 19. und 20. Jahrhunderts (ca. 350.000 Akten verkartet).

Die Amtsbibliothek (Präsenzbibliothek) enthält einschließlich der zwei Teilbibliotheken in den Abteilungen III Ge­hei­mes Hausarchiv und IV Kriegsarchiv rund 175.000 Bän­de. Sammelgebiete sind: Archivwesen einschließlich Archiv­technik, Quelleneditionen und Darstellungen zur baye­rischen und deutschen Ge­schich­te, geschichtliche Hilfs­wissenschaften, bayeri­sche und deutsche Verfas­sungs-, Verwaltungs-, Rechts- und Kirchengeschichte, Geschichte des Hau­ses Wittelsbach (Abt. III Geheimes Hausarchiv), baye­rische und deutsche Militärgeschichte bis zum Ersten Welt­krieg einschließlich Vorschriftensammlungen und Rang­listen (Abt. IV Kriegsarchiv).

Im Hauptlesesaal an der Schönfeldstraße steht den Be­nützern eine Freihandbibliothek von rund 9.200 Bän­den zur Ver­fügung.

Als technische Hilfsmittel dienen Mikrofilm­(fiche-) lese­geräte und Readerprinter. Anschlussmöglichkeiten für pri­va­te elektronische Eingabegeräte sind gegeben. Fotoaufträge werden nach Maßgabe des gültigen Ge­büh­renverzeichnisses für die Anfertigung von Licht­bildaufnahmen in der archiveigenen Fotowerkstätte ab­gewickelt, Readerprinterko­pien können vom Benützer selbst angefertigt werden. Das Bayerische Hauptstaatsarchiv verfügt über eine eigene Restaurierungswerk­stätte, die auch für die übrigen Staatsarchive arbeitet.