Die Archivalien des Geheimen Hausarchivs befinden sich nicht im Eigentum des Freistaates Bayern. Gemäß den Bestimmungen des Übereinkommens über die vermögensrechtliche Auseinandersetzung zwischen dem bayerischen Staat und dem vormaligen bayerischen Königshaus vom 24. Januar 1923 wurden die damals vorhandenen Bestände des Geheimen Haus­archivs Eigentum der Stiftung Wittelsbacher Aus­gleichsfonds (WAF). Die Verwaltung des Archivs als einer Abteilung des Bayerischen Hauptstaatsarchivs obliegt dem bayerischen Staat, Benützungen sind nur mit Zustimmung des Chefs des Hauses Wittelsbach möglich. Nach 1923 hinzugekommene Bestände (s.u.) sind teilweise in das Eigentum des WAF übergegangen, teilweise gehören sie der von Herzog Franz von Bayern für das Archivgut seiner unmittelbaren Vorfahren errichteten Wittelsbacher Archivalienstiftung oder natürlichen Personen über­wiegend aus dem Kreis der Angehörigen des Hauses Wittelsbach. Auch zu deren Be­nüt­zung ist in der Regel die Zustimmung des Chefs des Hauses erforderlich. Eine rechtzeitige Beantragung der Archiv­be­nüt­zung ist deshalb ratsam.

Die Abteilung geht nach Benennung, Bestimmung und Beständestruktur auf das Archivstatut von 1799 (s. S. 4) zurück. Dem Geheimen Hausarchiv wa­ren da­mals aus den landesfürstlichen Archiven Kur­pfalz­bayerns die „das höchste Personale des Churhauses“ im weitesten Sinne betreffenden Archivalien nach Pertinenz zugewiesen worden. Auf diese Weise wurde eine Dokumentationsstelle für die Rechtsverhältnisse des kurfürstlichen, dann königlichen Hauses geschaffen. Zu den diesbezüglichen Urkunden und Akten wurden auch die Verträge über Länderteilungen und Erbverbrüderungen gerechnet. Aus den kurpfalzbayerischen Archiven in München, Mannheim und Neuburg, Zweibrücken und Rappolt­stein wur­den die für einschlägig erachteten Archivalien ausgesondert und im Hausarchiv, nach Linien des Hauses Wittelsbach gegliedert, neu verzeichnet. Sie bilden die Bestände Hausurkunden (ca. 5.400 Urk., 1208–1805, fortgeführt bis zur Gegenwart), Korrespondenzakten (2.250 Einh., 15. Jh. – 1805), Hofhaushaltsakten (992 Einh., 15. Jh. – 1799) und Schatzakten (ca. 280 Einh., 15. Jh. – 1806).

Nachdem die Aussonderungen für die Nachfolgestaaten der Kurpfalz und des Fürstentums Pfalz-Zwei­brücken durchgeführt waren, blieb im Geheimen Haus­archiv ein unaufgeteilter Rest zurück: aus dem Mannheimer Archiv von den bereits 1792/96 nach Mün­chen geflüchteten 41 Kisten ca. 2.700 Urkunden (951–1698) betr. Lehen, geistliche Sachen, Oberämter (v.a. Germersheim, Lautern und Neustadt), Ver­träge mit Baden, Mainz, Pfalz-Simmern, Württemberg, den Raugrafen etc.; aus dem Zweibrücker Archiv ca. 400 Urkunden (1236–1691) betr. Fleckenstein-Dagstuhl und Haus­sachen der Grafen von Zweibrücken und aus dem Rappoltsteiner Archiv ca. 250 Urkunden und Ak­ten (1255–1788). – Eine eigene Gruppe sind die Pfälzer und Pfalz-Neuburger Akten (ca. 350 Einh., 1395–1799). Den Grundstock einer Handschriftensammlung (ab Spätmittelalter) bildet der Nachlass des Mannheimer Hofbibliothekars und Historiographen Theodor von Traitteur (1756–1830). Zu dieser Sammlung gehört auch der Thesaurus Palatinus (Handschriften 317 I,II).

Das Geheime Hausarchiv war wie das Geheime Staats­archiv und das Geheime Landesarchiv als ein staatliches Archiv eingerichtet worden. Nach den Be­stim­mungen des Archivstatuts von 1799 sollten in ihm alle den Personenstand (Geburt, Heirat, Tod) des Herr­scherhauses betreffenden Akten archiviert werden. Deshalb wurden z.B. die Akten über den Tod König Ludwigs II. aus den verschiedenen Staatsministerien hierher abgegeben. Insgesamt sind ca. 75 Prozent von den vom Ministerium des Königlichen Hau­ses und des Äußern, vom Justizministerium und ande­ren Behörden an das Geheime Hausarchiv abgegebenen Urkunden und Akten im Zweiten Weltkrieg verbrannt. Auch der Obersthofmeisterstab, dem die Verwaltung der Schlösser der Zivilliste oblag, hat im 19. Jh. an das Hausarchiv abgegeben. Nach 1918 wur­den schließlich die Akten anderer Hofstäbe (v.a. Obersthofmarschallstab, Oberststallmeisterstab, Hof­jagd­intendanz, Hofsekretariat) – soweit sie bei den Funktionsnachfolgern nicht mehr gebraucht wurden – dem Hausarchiv zugewiesen (größtenteils im Krieg ver­brannt).

War das Geheime Hausarchiv von seinem Ursprung her ein Archiv über Rechtsverhältnisse des Königshauses, so ist es im Laufe des 19. Jahrhunderts auch zu einem Archiv des Hauses selbst geworden. Seit König Ludwig I. 1844 die Verwahrung seiner Kabinettsakten im Hausarchiv verfügte, sind die beim Kabinettssekretariat und bei der Kabinettskassenverwaltung erwachsenen Korrespondenzen, Akten und Rechnungen, auch die seiner Nachfolger, an das Haus­archiv gelangt. Auch Nachlässe von nicht regierenden Mitgliedern des Hauses wurden diesem vereinzelt schon im 19. Jahrhundert anvertraut. Die damit eingeleitete Entwicklung wurde durch das Übereinkommen von 1923 festgeschrieben, welches bestimmte, dass das Archiv „dem Haus auch künftighin zur Hinterlegung der Archivalien zur Verfügung“ steht. Dies verhinderte, dass das Geheime Hausarchiv nach dem Ende der Monarchie zu einem sog. toten Archiv wurde. Kronprinz Rupprecht (1869–1955) hinterlegte seinen Nachlass und eine umfangreiche Wittelsbacher Bildersammlung. Weitere bedeutende Nachlässe von Prinzen und Prinzessinnen sind die des Generalfeldmarschalls Prinz Leopold (1846–1930) und der Ethnologin Prinzessin Therese (1850–1925). Herzog Albrecht von Bayern übergab das ihm geschenkte Archiv der Bayerischen Heimat- und Königspartei dem Geheimen Hausarchiv.

Depots unter abweichenden Rechtsverhältnissen sind das 1987 hinterlegte Archiv des Königlich Bayerischen Hausritterordens vom Heiligen Georg und das 2001 ins Geheime Hausarchiv verbrachte Archiv der Herzöge in Bayern. Aufgrund der Besitzgeschichte dieser 1973 im eigenen Mannesstamm erloschenen herzoglichen Nebenlinie des Hauses Wittelsbach ge­hören dazu auch große Teile des Archivs des Benediktinerklosters Banz sowie Archivgut verschiedener reichsritterschaftlicher Herrschaften in Oberfranken (v.a. Herrschaft Lahm im Itzgrund) und oberbayerischer Hofmarken (z.B. Possenhofen).

Der WAF hat in geringem Umfang nicht mehr benötigte Akten (zusammen mit Vorakten der Krongutsverwaltung) über seinen Grundbesitz sowie über die Auflösung von Hofküche, Hofkeller und Leinwandkammer der Residenz aus dem Zeitraum vor 1961 an das Geheime Hausarchiv abgegeben.

Schließlich befinden sich aufgrund besonderer Vereinbarung oder wegen Übergangs des Eigentums auf den WAF auch einige Archive adeliger Familien, v.a. das der Freiherren von Stengel, und private Nachlässe, z.B. der des Kabinettssekretärs Franz Seraph von Pfis­ter­meister (1820–1912), im Geheimen Hausarchiv.