Das Bayerische Hauptstaatsarchiv wurde mit Verordnung vom 16. Juli 1921 (GVBl S. 379) durch den organisatorischen Zusammenschluss der bis dahin in München bestehenden drei Zentralarchive, des Allgemeinen Reichsarchivs, des Geheimen Staatsarchivs, des Geheimen Hausarchivs, sowie des damaligen Kreisarchivs München (heute Staatsarchiv München) gegründet. Die genannten drei Zentralarchive waren durch das Archivstatut Kurfürst Max IV. Josephs vom 26. Juni 1799 aus den bis zu diesem Zeitpunkt in München bestehenden wittelsbachischen Zentralarchiven, dem Inneren oder Geheimen (Urkunden-) archiv, dem Äußeren (Akten)archiv und der für das Aus­wärtige Departement des Geheimen Rats eingerichteten Geheimen Staatsregistratur nach Sachpertinenz gebildet worden. Das Geheime Landesarchiv (seit 1812 Allgemeines Reichsarchiv) sollte nach dem Archivstatut von 1799 die für die innere Landesverwaltung und die Beziehungen zu den einzelnen deutschen Reichsständen bezüglichen Archivalien aufnehmen, das Geheime Staatsarchiv erhielt die Masse des Schriftguts der Geheimen Staatsregistratur und war für die Archivalien bestimmt, die das Verhältnis Kurpfalzbayerns zum Ausland und zum Reich zum Inhalt hatten, und das Geheime Hausarchiv sollte für das die wittelsbachischen Familienangelegenheiten im weitesten Sinne betreffende Schriftgut zuständig sein. In das Geheime Staats- und in das Geheime Hausarchiv gelangten entsprechend ihrer Zuständigkeit auf die­se Weise auch umfängliche Bestände aus den Ar­chi­ven der Kurpfalz und Pfalz-Zweibrückens. Diese Archive bildeten von der Gründung des Bayerischen Hauptstaatsarchivs im Jahre 1921 bis zu seiner Neuorganisation am 1. Januar 1978 dessen Abteilungen I All­gemeines Staats­archiv (so genannt seit 1960), II Geheimes Staatsarchiv und III Geheimes Hausarchiv.

Die Archivorganisation von 1799 führte zu einer Auf­teilung gewachsener Fonds, die infolge der Unzulänglichkeit des hierfür zugrunde gelegten Prinzips sehr willkürlich und zu­fällig ausfiel. Das Geheime Landesarchiv wurde als Provinzialarchiv der „Provinz Baiern“ (Altbayern ohne Oberpfalz) ab 1803 auch für die Archive der durch die Säkularisation aufgelösten Klöster und Hochstifte im Bereich des heutigen Ober- und Niederbayern zuständig. Nach Errichtung des Königreichs Bayern (1806) wurde es im Jahre 1812 zum Allgemeinen Reichsarchiv erklärt, also zu einem das ganze Königreich umfassenden universalen Zentralarchiv, neben dem alle anderen im Königreich be­stehenden Archive nur noch Filialen darstellen sollten. Eine Zentralisierung so großer Mengen von Archiva­lien, jetzt auch aus weiteren Zuwachsgebieten (z.B. Schwaben, Tirol und Salzburg), war nur bei strengster Auslese durchzuführen. Hierbei unterschied man zwi­schen „archivalischem“ Schriftgut, worunter man Ur­kun­den und eine Auswahl von wichtigen Amtsbüchern und Akten (sog. Literalien) zählte, und „nicht­ar­chivalischem“ Schriftgut, wo­zu die Masse der übrigen Unterlagen (Akten, jüngere Amtsbücher, Protokolle, Rech­nungen etc.) gezählt wurde. Das Allgemeine Reichs­archiv sollte nur das „archivalische“ Schriftgut übernehmen. Dieses wurde hier nach Gesichtspunkten der Pertinenz der Einzeldokumente geordnet. Auf diese Weise wurden die Archive der seit der Säkularisation und Mediatisierung an Bayern gefallenen Institutionen und Territorien des altbayerisch-schwä­bi­schen Raumes völlig miteinander vermischt, die ursprünglichen Fonds weitgehend zerstört. Im Allgemeinen Reichsarchiv wie in seinem Aktendepot (dem späteren Kreisarchiv und heutigen Staatsarchiv München) entstanden riesige Mischbestände (s.u. S. 13 u. 25). Ge­gen­über Franken allerdings wirkten sich diese Grundsätze letztlich nur in der Konzentration der Urkunden vor 1401 in München aus. Das als „nichtarchivalisch“ an­ge­sehene Schrift­gut wurde den Archivkonservatorien, den Vor­läufern der heutigen Staats­archive (bis 1921 Kreisar­chive) in den einzelnen Regierungsbezirken, überlas­sen. In München war das Archiv­kon­ser­va­to­rium als die eigentliche Aktenabteilung des Allge­meinen Reichs­archivs bis 1825 diesem direkt ange­gliedert und wurde mit der unveränderten Be­zeich­nung „Kreisarchiv München“ 1921 zu einer eigenen Abteilung des Bayerischen Hauptstaatsarchivs. In dieser Eigenschaft führte es ab 1960 die Be­zeichnung „Staats­archiv für Oberbayern“. 1971 wurde es unter dem Namen „Staats­archiv München“ aus dem Verband des Baye­rischen Hauptstaatsarchivs herausgelöst und als selbst­ständige Behörde den übri­gen Staatsarchiven in Bayern gleichgeordnet (vgl. Kurz­führer Staatsarchiv Mün­chen, 1997).

Die Archivorganisation von 1799 und die in ihrer Fol­ge eingetretene Zerstörung der gewachsenen Fonds standen im Gegensatz zu dem seit dem 19. Jh. geforder­ten und heute als archivischem Grundsatz allgemein anerkannten Provenienzprinzip, d.h. der geschichtsbezogenen Ordnung der Archivalien nach ih­rer Herkunft. Trotz des organisatorischen Zusammen­schlusses der Münchener Zentralarchive von 1921 wur­de diesen Forderungen in der Praxis jedoch nur zögernd Raum gegeben. Die einzelnen Abteilungen des Hauptstaatsarchivs verblieben in ihren angestamm­ten, von­einander getrennten Räumlichkeiten, und eine Bestände­bereinigung zwischen ihnen wurde nicht in Angriff genommen. Aber man machte einen ersten Schritt hin zur Wiederherstellung historischer Zusammenhänge, indem man begann, das Provenienz­prinzip auf die nahezu vollständig in der ehemaligen Abteilung I des Hauptstaatsarchivs verwahrten Urkun­den des altbayerisch-schwäbischen Archivbereichs an­zu­wenden. So sind diese Urkundenfonds inzwischen – vor allem aufgrund der systematischen Analysen der 1960er und 1970er Jahre – wieder aufgebaut. Die historischen Akten- und Amtsbuchbestände (in Bayern seit dem 19. Jh. meist zusammenfassend als Lite­ra­lien bezeichnet) waren nicht nur zwischen den Mün­che­ner Zentralarchiven, sondern auch zwischen diesen und den Staatsarchiven (vorher Archivkonservatorien, dann Kreisarchive) in Altbayern und Schwaben auf­geteilt worden. Hier setzte die Wiederherstellung histo­rischer Fonds zunächst einmal die Festlegung ein­deutiger Zuständigkeiten für die historischen Be­stän­de voraus. Dies geschah durch eine umfassende Be­ständebereinigung im altbayerisch-schwäbischen Raum und war eine wichtige Voraussetzung für die Neu­gliederung des Bayerischen Hauptstaatsarchivs vom 1. Januar 1978. Die historische Zuständigkeit im altbayerischen Raum wurde in der Weise festgelegt, dass das Bayerische Hauptstaatsarchiv zuständig für alle Archivalien der kurbayerischen und pfalz-neu­bur­gi­schen Zentralbehörden sowie der Hochstifte, Klöster und wenigen weltlichen Reichsstände des ehemaligen Bayerischen Reichskreises (ohne Oberpfalz) wur­de, während den Staatsarchiven München und Lands­hut die kurbayerischen Mittel- und Unterbehörden zuge­wiesen wurden. Für die Bestände der historischen Ober­pfalz (Fürstentum der Oberen Pfalz) ist das Staats­archiv Amberg zuständig. Diese erstmalige Fest­legung eindeutiger Zuständigkeiten im altbayerischen Archivbereich hatte einen Austausch von Be­ständen großen Ausmaßes zwischen diesen Archiven zur Folge. Die Archivalien des ehemaligen Schwä­bi­schen und Österreichischen Reichskreises wurden dem schwäbischen Staatsarchiv zugewiesen, das sich seit 1989 in Augsburg befindet (vgl. Kurzführer Staats­archiv Augsburg, 1993). Die zuletzt noch in München zentralisierten Urkunden fränkischer Provenienzen bis zum Jahre 1400 wurden 1993/94 den Staats­archiven in Bamberg, Nürnberg und Würzburg zurückgegeben.

Der Umzug in den Neubau an der Schönfeldstraße war der Anlass, die geplante Neuorganisation des Baye­rischen Haupt­staatsarchivs am 1. Januar 1978 Wirk­lichkeit werden zu lassen. Ihr Kernstück war die Vereinigung der auf die ehemaligen Abteilungen I Allgemeines Staatsarchiv (ehemaliges Allgemeines Reichsarchiv) und II Geheimes Staats­archiv aufgeteilten Bestände und ihre Gliederung in je eine Abteilung für die älteren und neueren Bestände mit dem zeitlichen Schnitt um 1800.

Das Bayerische Hauptstaatsarchiv besteht seit diesem Zeit­punkt aus den sechs Abteilungen: Z (Zentrale Angelegenheiten), I (Ältere Bestände), II (Neuere Be­stände), III (Ge­hei­mes Hausarchiv), IV (Kriegsarchiv, 1885 errichtet und 1946 dem Bayerischen Haupt­staats­archiv als Abteilung angegliedert) und V (Nach­lässe und Sammlungen).