Nach der Verordnung über die Gliederung der Staatlichen Archive Bayerns vom 28. Mai 1990 (GVBl S. 175) obliegt dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv „die Archivierung des Archivguts der staatlichen Stellen, die für das gesamte Staatsgebiet zuständig sind“. Im einzelnen ist es als Zentralarchiv für das Herzogtum, Kurfürstentum, Königreich und den Freistaat Bayern zuständig für die ehemaligen kur­bayerischen und pfalz-neuburgischen Zentralarchive und Zentralbehör­den, die bei Bayern verbliebene kurpfälzische und pfalz-zweibrückische Überlieferung, die Archive der im Rahmen der Säkularisation und Mediatisierung zu Be­ginn des 19. Jh. an Bayern gefallenen geistlichen und welt­lichen Institutionen des Bayerischen Reichskreises (ohne Oberpfalz) (Abteilung I Ältere Bestände), für die baye­ri­schen Staatsministerien und sonstigen für ganz Bayern zuständigen Landesbehörden seit ca. 1800 (Abteilung II Neuere Bestände), für nach Sach­pertinenz gebildete Mischbestände überwiegend kur­pfalzbayerischer und königlich-bayerischer zentral­behördlicher Provenienzen zur Ge­schich­te des Hau­ses Wittelsbach sowie das von Mitgliedern des kgl. Hauses übergebene Schriftgut (Abteilung III Ge­hei­mes Hausarchiv), das Archivgut der ehemaligen baye­rischen Armee vom 17. Jh. bis 1919 (Abteilung IV Kriegsarchiv) und das Schriftgut der nicht selbst ar­chivierenden, unter Aufsicht des Staates stehenden Körperschaften, An­stal­ten und Stiftungen des öffentlichen Rechts sowie nichtstaatliches Archivgut zur Er­gänzung der Behördenakten, näm­lich politische Nach­lässe, Verbandsschriftgut und Samm­lungsgut wie Plakate, Flugblätter, Druckschriften etc. (Abteilung V Nachlässe und Sammlungen).

Nach der zitierten Gliederungsverordnung obliegen dem Baye­rischen Hauptstaatsarchiv weiterhin „die ihm zugewiesenen zentralen fachlichen Aufgaben“. Diese bestehen zur Zeit in der praktischen Durchführung der Reprographie ein­schließlich der Sicherungs- und Schutzverfilmung sowie der Restaurierung und Konservierung.