Eine wichtige Aufgabe der Archive ist es, das ihnen anvertraute Schriftgut in einer äußeren und inneren Ordnung anzubieten, die den Ansprüchen von Verwaltung und Forschung gerecht wird. Dies geschieht am besten auf der Grundlage des heute in Bayern allgemein anerkannten Provenienzprinzips; dabei wird das bei einer Institution oder Privatperson erwachsene Schriftgut auch im Archiv ungeteilt in seinem Entstehungszusammenhang belassen oder wieder auf ihn zurückgeführt. Bei den Beständen aus der Zeit des Alten Reiches ist es ein Anliegen, die Formierung und Strukturierung der „Geheimen Archive“ (als sogenannte Archivprovenienz) zu beachten; denn die alten Behördenregistraturen aus der dorthin gelangten Überlieferung können in der Regel nicht mehr mit befriedigender Genauigkeit ermittelt werden. Nur auf dieser Grundlage können klar abgegrenzte, in sich geschlossene Fonds entstehen, die auch die Wertigkeit des Schriftguts (also seine hierarchische Stellung) respektieren. Innerhalb der Fonds kann das Schriftgut dann von der Kompetenz des Registratur- (oder Archiv-)bildners her erschlossen und zugänglich gemacht werden.

Das angestrebte Ziel eines klar abgegrenzten Zuständigkeitsbereichs im Hinblick auf den historischen Archivsprengel ist nach folgenden Maßnahmen in der Hauptsache erreicht: Rückgabe der ab 1821 in das damalige Allgemeine Reichsarchiv nach München gezogenen Ansbacher, Eichstätter, Nürnberger und Rothenburger Überlieferung in den Jahren seit 1938, Rückführung aller Urkunden vor 1401 im Jahre 1992, Abgabe der Münchener Deutschordensbestände 1997. Umgekehrt wurden die pfalz-neuburgischen Bestände, die 1912 und 1921 vom damaligen Kreisarchiv Neuburg a. d. Donau nach dem Ortsbetreffprinzip nach Nürnberg extradiert worden waren, an das Bayerische Hauptstaatsarchiv abgegeben. Bereinigungen wurden auch mit dem Staatsarchiv Augsburg (1990 Abgabe von Archivalien der im Schwäbischen Reichskreis gelegenen Reichsstadt Dinkelsbühl sowie der ehemals württembergischen Herrschaft Weiltingen) und dem Staatsarchiv Bamberg (v. a. bei den Provenienzen Brandenburg-Ansbach und Brandenburg-Kulmbach(-Bayreuth), Hochstift Bamberg, Reichsstadt Nürnberg) durchgeführt. Im Rahmen eines zwischen Bayern und Baden-Württemberg vereinbarten provenienzgerechten Beständeaustauschs erhält das Staatsarchiv Nürnberg vor allem die im 19. Jahrhundert nach dem Ortsbetreffprinzip dorthin gelangten Archivalien brandenburg-ansbachischer Bestände; Archivalien des Stifts Comburg (Amt Gebsattel) wurden an das Staatsarchiv Ludwigsburg abgegeben, Archivalien des Meistertums Mergentheim des Deutschen Ordens werden folgen.

Für die neueren Bestände sind die Erschließung der Abgaben, die Bildung von provenienzgerechten Fonds aus den Abgabegemeinschaften und die Wiederherstellung der Registraturkörper der in der Übergangsphase zwischen dem Ende des Alten Reiches 1806 und der Errichtung der Regierungen als Mittelbehörden 1817 existierenden Bestandsbildner (Generallandeskommissariat für Franken, Generalkreiskommissariate usw.) vorrangige Aufgaben.

Neben den herkömmlichen Findbehelfen in Bandform (für die Altbestände zum Teil bereits die seit dem 16. Jahrhundert angelegten Repertorien) stehen eine Reihe von Karteien (Auswanderer des 19./20. Jh., Todesanzeigen bei den Amtsgerichten) zur Verfügung. Mittlerweile sind annähernd 900.000 Archivalieneinheiten im internen Datenbanksystem erfasst.