Deposita und Archivgut von Stellen, die nicht selbst archivieren
Seit Ende des 19. Jh. wurden Archivalien niederbayerischer Städte, Märkte und Gemeinden aus konservatorischen Gründen in das Staatsarchiv übernommen. Nachdem mehrere Gemeinden in den letzten Jahren ihre hier verwahrten Depots in ihre eigenen Archive zurückgeholt haben, ist im Staatsarchiv noch Archivgut folgender Gemeinden hinterlegt: Bogen, Eichendorf, Eschlkam, Hengersberg, Hofdorf, Michaelsbuch, Münster (Lkr. Landshut), Peising, Penzenried, Rottenburg a.d. Laaber, Rotthalmünster, Saulburg, Schierling, Steinkirchen und Tann.
Auch mehrere Adelsarchive (s.o.) werden als Depots verwahrt.
An Nachlässen finden sich zur Zeit ca. 10 meist kleinere Bestände.
In Vollzug des Bayerischen Archivgesetzes von 1989 wird auch Archivgut von Körperschaften, Stiftungen und Anstalten des öffentlichen Rechts, die keine eigenen Archive unterhalten, durch die staatlichen Archive archiviert. Vorhanden ist Schriftgut der Handwerkskammer für Niederbayern (bis zur Vereinigung mit der Handwerkskammer der Oberpfalz 1972), verschiedener Träger der allgemeinen, landwirtschaftlichen und betrieblichen Kranken- und Unfallversicherung (u.a. mehrerer Betriebskrankenkassen, der Allgemeinen Ortskrankenkassen Bayerwald, Deggendorf, Kelheim, Landshut, Passau, Rottal-Inn und Straubing sowie der Landwirtschaftlichen Sozialversicherungsträger Niederbayern/Oberpfalz mit insgesamt ca. 500 AE) und des Landesfürsorgeverbands Niederbayern mit knapp 100 AE. Die frühere Landesversicherungsanstalt Niederbayern/Oberpfalz (LVA), jetzt Deutsche Rentenversicherung Bayern-Süd, ist bisher mit ca. 1500 Einzelversichertenakten vertreten. Aus dem Besitz der Landesgewerbeanstalt Bayern, Zweigstelle Landshut, liegen Glasplatten mit Ansichten von Kirchen, Bauernhäusern und einigen Behördengebäuden vor.