Allgemeine innere Verwaltung
Im Zuge der Neuorganisation des bayerischen Staatswesens seit 1799 erfuhren seit 1802 auch die Behörden der mittleren und unteren Verwaltungsebene eine grundlegende Änderung. Als wichtigste Behörde auf dem Gebiet der Inneren Verwaltung fungierte seit 1808 das Generalkommissariat des Isarkreises (mit Kreisfinanzdirektion, Polizei- und Oberschulkommissariat). 1817 trat die Regierung des Isarkreises (mit je einer Kammer des Innern und der Finanzen) die Nachfolge an. 1837 wurde die Behörde in Regierung von Oberbayern umbenannt und dauerhaft nach München verlegt. Sie war zuständig für das Gesamtgebiet der staatlichen und kommunalen Ordnung, die öffentliche Sicherheit, den Land-, Straßen- und Eisenbahnbau, das Medizinal- und Veterinärwesen, die Schul-, Kirchen- und Stiftungsangelegenheiten und das Gewerbe- und Militärwesen. Der umfangreiche, ca. 104.500 Akten mit 1.450 lfm umfassende, für die Zeit von 1918 bis 1945 jedoch durch Kriegsverluste gestörte Bestand wird durch ein zwölfbändiges Repertorium erschlossen (Rechnungen im Rechnungsselekt, s. unten Ziff. II 4 Finanzverwaltung).
Von der Landwehr (unter Führung eines Kreiskommandanten) sind 148 Akten für das Landgericht Schrobenhausen überliefert. Das 1946 errichtete Verwaltungsgericht München ist mit ca. 2.500 Akten (ca. 25 lfm) vertreten.
Bei den regional zuständigen 38 Landgerichten (älterer Ordnung) (1802-1862) ging das Schriftgut des Verwaltungsbereichs nach der Trennung von Justiz und Verwaltung (1862) vielfach in die Registraturen der 1862 eingerichteten Bezirksämter, die Registraturteile des ihnen ab 1862 allein verbliebenen Justizbereichs in die Registraturen der 1879 eingerichteten Amtsgerichte ein. Die Rekonstruktion und provenienzgerechte Neuordnung der teils im Bestand Antiquarregistratur, teils in den Beständen Landratsämter und Amtsgerichte (s. unten Ziff. II 2 Justiz) sowie im Rechnungsselekt (s. unten Ziff. II 4 Finanzverwaltung) aufgegangenen Fonds ist im Gange.
Die rund 212.500 Akten (2.070 lfm) der 25 Bezirksämter und der 1939 an ihre Stelle getretenen Landratsämter (bis 1972) zuzüglich der Selekte von über 1.075.00 (2.750 lfm) Baugenehmigungsakten, rund 6.000 (21 lfm) Gewerbekonzessionen, 110.000 (204 lfm) Ansässigmachungs- und Verehelichungsakten, 6.000 Heimatakten und 950 Pfarrmatrikel-Zweitschriften gehören zu den am häufigsten benützten Quellen des Staatsarchivs. Die im Umfang von fast 55.000 Akten (360 lfm) nur von ausgewählten Landratsämtern (Bad Tölz-Wolfratshausen, Erding) übernommenen Sozialhilfeakten unterliegen speziellen Datenschutzregelungen. Die Feststellungsakten der bei den Landratsämtern gebildeten Ausgleichsämter werden auf Grund besonderer gesetzlicher Regelung von der Außenstelle Bayreuth des Bundesarchivs archiviert.
Durch die Gebietsreform vom 1. Juli 1972 wurde die Zahl der Landratsämter teils mit alter, teils mit neuer Ortsbezeichnung von 26 auf 20 vermindert. Da sich deren Sprengel durchwegs geändert haben, werden ab diesem Zeitpunkt für sie neue Fonds angelegt, ebenso wie für die übrigen Behörden, deren Sprengel sich in der Folge geändert haben.