Allgemeine innere Verwaltung
Zwischen 1802 und 1808 existierte für den Bereich des heutigen Niederbayern keine eigene Verwaltungsbehörde auf mittlerer Ebene. Diese Aufgabe nahm die 1799 für die Provinz Baiern (Ober- und Niederbayern) in München gegründete Generallandesdirektion, ab 1803 Landesdirektion von Baiern, wahr, die die Kompetenzen der 1802 aufgelösten Regierungen in den Rentmeisterämtern mitübernahm. Dies änderte sich 1808 mit der Einrichtung der sogenannten Flusskreise (nach dem Vorbild der französischen Departements) mit jeweils einem Generalkommissariat an der Spitze der inneren Verwaltung. Für den Sprengel des Staatsarchivs relevant sind die zwei aufeinanderfolgenden Generalkommissariate des Unterdonaukreises (Umfang des Bestands ca. 5000 Akten) und des ersten Regenkreises von 1808-1810 mit Sitz in Straubing und ca. 950 Akten. 1817 wurden diese Generalkommissariate unter Einschluss der Kreisfinanzdirektionen (s.u.) in Regierungen umbenannt, die aus dem Präsidium, einer Kammer des Innern und einer Kammer der Finanzen (s.u.) bestanden. Zu diesen trat 1908 noch eine Kammer der Forsten (s. u.). Für den Sprengel des Staatsarchivs ist einschlägig die Regierung des Unterdonaukreises (Umfang Kammer des Innern ca. 12.500 Akten). Nach zahlreichen Grenzänderungen und Umorganisationen erhielt das Gebiet mit der Abtretung Landshuts und Vilsbiburgs durch den Isarkreis 1837 seine im Wesentlichen bis heute gültige Gestalt sowie den Namen Regierungsbezirk Niederbayern.
Aufgrund neuerer Beständebereinigungen befindet sich die Überlieferung auf der mittleren Ebene für den Bereich der Landgerichte Landshut und Vilsbiburg sowie der Stadt Landshut für den Zeitraum 1808 bis 1837 im Staatsarchiv München, wo das Schriftgut der Mittelbehörden des Isarkreises mit Sitz in München vereinigt werden soll. Dasselbe gilt für den Bereich der Landgerichte Abensberg, Kelheim und Pfaffenberg, für den die Unterlagen der Stellen des Regenkreises mit Sitz in Regensburg für die Zeit von 1810 bis 1837 im Staatsarchiv Amberg konzentriert sind. Diese archivischen Zuständigkeiten sind auch für die Finanzmittelstellen in diesem Zeitraum zugrunde zu legen ( s. 4.)
Der Bestand Regierung von Niederbayern, Präsidium umfasst ca. 1300, der der Kammer des Innern ca. 55.000 Akten. Während der Bestand des Präsidiums überwiegend Akten zur allgemeinen politischen Lage sowie Personalakten enthält, decken die Bestände der Generalkommissariate und der Regierungen (Kammern des Innern) ein breites Spektrum ab, das u.a. Bausachen, Medizinalwesen, Kirchen-, Schul- und Gemeindeangelegenheiten umfasst. Wegen der Zusammenlegung der Regierungsbezirke Niederbayern und Oberpfalz von 1932 bis 1948/56 mit dem Regierungssitz in Regensburg sind die Generalakten für diese Zeit im Staatsarchiv Amberg zu suchen. Für die Zeit des Dritten Reiches enthalten die im Staatsarchiv Landshut vorhandenen Regierungsakten kaum politische Vorgänge. Aus einer Regierungsabgabe stammen auch ca. 140 Akten, die Orte in den zwischen 1940 und 1945 zum Regierungsbezirk gehörenden böhmischen Landkreisen Bergreichenstein, Markt Eisenstein und Prachatitz betreffen. 1972 trat Niederbayern im Rahmen der Gebietsreform den gesamten Altlandkreis Kötzting sowie unterschiedlich große Teile der Altlandkreise Kelheim, Mallersdorf und Rottenburg a.d. Laaber an die Oberpfalz, Teile des Altlandkreises Mainburg an Oberbayern ab; Teile der Altlandkreise Regensburg und Riedenburg kamen dafür an Niederbayern.
Für die Verwaltung und Justiz auf unterer Ebene entstanden 1802/03 die Landgerichte älterer Ordnung, deren Verwaltungsfunktion 1862 bei der Trennung von Justiz und Verwaltung von den neu geschaffenen (und mit größeren Amtssprengeln ausgestatteten) Bezirksämtern übernommen wurde. 1939 wurden diese in Landratsämter umbenannt.
Bei dieser Scheidung von Justiz und Verwaltung 1862 wurden die bereits bei den Landgerichten ä.O. getrennt geführten Registraturen aufgeteilt, die Justizakten verblieben den 1879 in Amtsgerichte umgewandelten Landgerichten (nun sog. mittlerer Ordnung, s. unten), die Verwaltungsakten gingen an die neu errichteten Bezirksämter, 1939 in Landratsämter umbenannt.
Die Bestände der Landgerichte ä.O. Abensberg, Bogen, Deggendorf, Dingolfing, Eggenfelden, Grafenau, Griesbach, Hengersberg, Kelheim, Kötzting, Landau, Landshut, Mainburg, Mallersdorf, Mitterfels, Osterhofen, Passau, Pfarrkirchen, Regen, Rottenburg, Rotthalmünster, Schärding (nur für die Jahre 1810-1814), Simbach, Straubing, Viechtach, Vilsbiburg Vilshofen, Wegscheid und Wolfstein (zusammen ca. 29.000 AE) sind als eigene Fonds fast vollständig wieder aufgebaut. Das Schriftgut der ihnen nachfolgenden Bezirksämter weist hinsichtlich der Überlieferungsdichte und der Laufzeit große Unterschiede auf. Es umfasst zur Zeit ca. 150.000 Akten der Bezirksämter/Landratsämter Bogen, Deggendorf, Dingolfing, Eggenfelden, Grafenau, Griesbach i.R. Kelheim, Kötzting, Landau a.d. Isar, Landshut, Mallersdorf, Mainburg, Passau, Pfarrkirchen, Regen, Rottenburg a.d. Laaber, Straubing, Viechtach, Vilsbiburg, Vilshofen, Wegscheid und Wolfstein. Erst vergleichbar wenige Abgaben liegen bis jetzt von den Nachfolgebehörden ab 1972 (Landratsämter Deggendorf, Dingolfing-Landau, Freyung-Grafenau, Kelheim, Landshut, Passau, Regen, Rottal-Inn und Straubing-Bogen) vor. Inhaltlich decken diese Bestände weite Bereiche der allgemeinen Verwaltung, des Bau-, Schul-, Kirchen-, Gesundheits-, Wirtschafts- und Gemeindewesens ab. Auch Aus- und Einwanderungsakten sind vorhanden. Diesen Beständen schließen sich als Selekt noch ca. 850.000 Baugenehmigungsakten an, die in der Regel ab 1875 einsetzen und zur Zeit bis maximal 1984 heraufreichen. Einen weiteren Selekt der Landgerichte ä.O. und der Bezirksämter bilden die Ansässigmachungs- und Verehelichungsakten. Sie umfassen ca. 256.000 weitgehend noch unverzeichnete Akten von 458 lfm. Als dritter Selekt existiert eine Serie von 517 Pfarrmatrikelzweitschriften, die zwischen 1804 und 1876 (Einführung der Standesamtsregister) geführt wurden. Ein vierter Selekt, die sog. Standesamtszweitschriften, die in den Landratsämtern verwahrt wurden und werden, ist durch erste Abgaben im Aufbau begriffen.